Cómo funcionan las licencias médicas en Chile: quién paga y cómo apelar un rechazo

La licencia médica reemplaza el sueldo de un trabajador que no puede cumplir su jornada, pero desde qué día se paga y cuánto se recibe depende de la duración del reposo y del tipo de licencia. Esta es la guía de las reglas oficiales, con las cifras del sistema en 2025.

Qué es la licencia médica y quién puede emitirla

Según el artículo 1 del D.S. N°3 de 1984 del Ministerio de Salud, es el derecho de un trabajador a ausentarse o reducir su jornada por una incapacidad transitoria, certificada por un profesional y autorizada por la COMPIN o la Isapre. Durante ese período, el subsidio por incapacidad laboral (SIL) reemplaza la renta que deja de percibirse.

Solo pueden emitirla médicos cirujanos, cirujanos dentistas y matronas, y estas últimas únicamente por embarazo o parto normal. Todos deben estar habilitados en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de la Superintendencia de Salud, y los médicos titulados o revalidados en Chile desde el 19 de abril de 2009 deben haber aprobado además el Eunacom. Si el profesional está suspendido, la licencia se rechaza aunque el reposo sea real, detalla la SUSESO.

Los ocho tipos de licencia médica que reconoce la normativa chilena

La clasificación depende del origen de la incapacidad, y de ella se derivan el organismo que financia el subsidio y la duración máxima del permiso, según la Biblioteca del Congreso Nacional.

Licencias médicas: desde qué día se paga el subsidio

La regla más consultada tiene dos tramos. Si la licencia dura 11 días o más, el subsidio se paga desde el primer día de reposo. Si dura menos de 11 días, se paga desde el cuarto día: los tres primeros quedan sin pago como período de carencia.

Ese cálculo se puede revertir. Si luego se otorgan licencias continuadas por el mismo diagnóstico que en conjunto suman más de diez días, el primer subsidio se reliquida y se paga desde el primer día de incapacidad, precisa la SUSESO. La entidad empleadora no está obligada a cubrir esos tres días, salvo que se haya comprometido por contrato individual, contrato colectivo, convenio colectivo o fallo arbitral. Las cotizaciones de pensiones y salud, en cambio, se pagan por todo el período, incluso durante la carencia.

Requisitos y cómo se calcula el monto

Para el subsidio de origen común se exigen seis meses de afiliación y tres meses de cotización dentro de los seis meses anteriores al inicio de la licencia, o sea 90 días de aportes en los 180 días previos. Cuando la incapacidad se produce por un accidente, esos mínimos no se exigen.

La base de cálculo es el promedio de la remuneración mensual neta, del subsidio o de ambos, devengados en los tres meses calendario más próximos al mes en que se inicia la licencia, según el compendio de normas de la SUSESO. Para los trabajadores dependientes hay un piso: el subsidio diario no puede ser inferior a la trigésima parte del 50% del ingreso mínimo del sector privado.

Los plazos que hay que cumplir

El trámite se cuenta en días hábiles y, si se incumplen, el beneficio puede perderse, según ChileAtiende:

• Trabajador: 2 días hábiles para entregar la licencia al empleador en el sector privado; 3 en el sector público.
• Empleador: 3 días hábiles desde que la recibe para presentarla en la COMPIN, la CCAF o la Isapre.
• Contraloría médica de la Isapre: 3 días hábiles para pronunciarse.
• COMPIN: 7 días hábiles, prorrogables por otros 7. Si no se pronuncia, la licencia se entiende aprobada.
• Pago: al menos con la periodicidad de la remuneración y nunca por más de un mes. La primera licencia debe pagarse dentro de 30 días desde su recepción.
• Cobro: el derecho a reclamar el pago prescribe a los 6 meses desde el término de la licencia.

Si el empleador presenta la licencia fuera de plazo, la COMPIN o la Isapre la autorizan con cargo a él: la entidad paga el subsidio y después le exige el reembolso.

La licencia médica electrónica es obligatoria desde 2021

Desde el 1 de enero de 2021 la emisión electrónica es la regla general y el formulario de papel quedó para casos excepcionales calificados por el Ministerio de Salud, como localidades sin conexión. Con el sistema en línea el documento llega solo al empleador, y el trabajador debe revisar que sus datos y el lugar de reposo estén correctos y firmar. La versión electrónica tiene el mismo valor legal que el papel.

Por qué se rechaza una licencia y cómo apelar

Los rechazos se agrupan en dos causales. Las médicas son la falta de justificación del reposo, cuando se estima que no hay incapacidad o que el reposo es excesivo, y la pérdida de temporalidad, cuando se determina que el trabajador ya no volverá a estar en condiciones de trabajar. Las jurídico-administrativas incluyen no tener la calidad de trabajador, presentar la licencia fuera de plazo, incumplir el reposo, la enmendadura y la falsificación.

No todo lo que se hace durante el reposo es incumplimiento: ir a la farmacia, realizarse exámenes ordenados por el mismo profesional, comprar alimentos o votar en elecciones obligatorias están exceptuados. En licencias psiquiátricas, salir del domicilio dentro de Chile tampoco se considera incumplimiento. Los trabajos remunerados durante la licencia, en cambio, son causal de rechazo.

Si la Isapre rechaza o reduce una licencia, se apela ante la COMPIN del domicilio del contrato de salud dentro de 15 días hábiles desde la notificación, y de esa resolución se puede apelar a la SUSESO. Si el rechazo viene de una COMPIN, la apelación se presenta directamente en la SUSESO, sin plazo, aunque el subsidio prescribe a los 6 meses del término de la licencia. La fiscalización se reforzó con la Ley 21.746, publicada en mayo de 2025, que amplió las facultades sancionatorias de la SUSESO y la COMPIN.

Qué muestran los datos del sistema en 2025

El último informe anual de licencias médicas de la SUSESO, de febrero de 2026, dimensiona el sistema: 6.724.429 cotizantes con derecho a licencia, 80,3% en Fonasa y 19,7% en isapres, y 2.362.394 personas (35,1%) que usaron al menos una licencia en 2025.

Se emitieron 7.016.470 licencias, un millón menos que las 8.051.261 de 2024, con caídas en isapres (-19,5%), Fonasa (-11,5%), sector privado (-11,8%) y sector público (-13,7%). Por diagnóstico, los trastornos mentales y del comportamiento lideraron con el 30,9%, seguidos por los musculoesqueléticos (17,5%) y los respiratorios (14,3%).

El debate por el uso del instrumento sigue abierto: en septiembre de 2026 la Corte Suprema removió a 11 jueces que viajaron al extranjero con licencia médica, mientras la querella de Fonasa contra prestadores por fraude apunta al uso irregular del beneficio. En el mundo laboral, las cifras de la Dirección del Trabajo sobre la Ley Karin muestran que la salud mental dejó de ser un tema privado en las empresas, y la ansiedad es hoy uno de los motivos frecuentes de reposo.

Preguntas frecuentes sobre las licencias médicas

¿Cuántos días de cotizaciones necesito para recibir el subsidio?

Seis meses de afiliación y tres meses de cotización dentro de los seis meses anteriores al inicio de la licencia. Si la incapacidad es por accidente, no se exigen esos mínimos.

¿El empleador está obligado a pagar los tres primeros días?

No, salvo que se haya comprometido por contrato individual, contrato colectivo, convenio colectivo o fallo arbitral. Si la licencia dura 11 días o más, el subsidio cubre desde el primer día; si dura menos, se paga desde el cuarto.

¿Puedo salir de mi casa durante una licencia médica?

Depende de la indicación. Ir a la farmacia, realizarse exámenes ordenados por el mismo profesional, comprar alimentos o votar no son incumplimiento, y en patologías psiquiátricas la salida del domicilio dentro de Chile tampoco lo es. Realizar trabajos remunerados, en cambio, es causal de rechazo.

¿Hasta cuándo puedo cobrar el subsidio?

El derecho a reclamar el pago prescribe a los 6 meses contados desde el término de la licencia respectiva. Si hay varias licencias continuadas, el plazo se cuenta desde el término de la última.

Redacción Liven